Fauna
En cuanto a su fauna silvestre podemos citar mamíferos como el zorro andino (Pseudalopex culpaeus), el venado (Odocoileus virginianus), la vizcacha (Lagidium peruanum), la taruca (Hippocamelus antisensis) y aves como la gaviota andina (Larus serranus) y el cóndor andino (Vultur gryphus).
El zorro andino en la actualidad esta en extinción, ya que no tienen una buena relación con habitantes de la zona, y estos terminan por matarlos
Valores Paisajísticos
Laguna Grande
-El bosque de intimpas, con el conjunto de notables epifitismos de orquídeas y bromelias conspicuas que interactúan permanentemente con la fauna silvestre.
-La presencia de la Laguna Chica o "Ankasq´ocha", rodeada por la parte más sobresaliente del bosque de intimpas que se halla ubicada a una altitud de 3,250 msnm.
-La Laguna Grande llamada también "Uspaq´ocha" o "Ampay Grande" a 3,750 msnm. Ocupa una depresión morrénica rodeada de un bosque altoandino con predominio de arbolitos de "ollantay" Saracha spinosa y "Sallka t´asta" Escallonia myrtilloides Var. Myrtilloides.
-La bella comunidad de con características singulares denominada "Bosque enano" al lado noreste de la Laguna Grande.
-El macizo solitario del Ampay (5,262 msnm.) constituye uno de los más bellos glaciares a manera de una isla continental rodeado por los ríos Apurímac, Pachachaca y Mariño, siendo un atractivo para el turismo de alta montaña, caminatas, andinismo y esquí.
Amenazas
Las principales amenazas están debidas principalmente a presiones de carácter económico-social de las poblaciones aledañas y en menor grado por fenómenos naturales, cuyo impacto desfavorable afecta la integridad de este valioso patrimonio natural.
Las acciones impactantes de mayor consideración en la alteración del Santuario son: la extracción de leña, la introducción de especies exóticas, el sobre pastoreo y la agricultura. Estas acciones dan lugar a la pérdida de la diversidad y estabilidad del ecosistema, disminución de la tasa de crecimiento del bosque, modificación de la fisiografía en los extremos del bosque y alteraciones en la cuenca.
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